Los frutos o mazorcas de cacao se cosechan cuando estas obtienen una madurez fisiológica es decir poseen una gran cantidad de azúcares ya formados. Por lo general esto ocurre entre 5 a 6 meses luego de la floración, pero va a depender de muchos factores, pero sobre todo de los factores climáticos.
La mayor característica de un fruto maduro es el cambio de color en su cáscara, que va a depender de la variedad que tengamos sembradas. Por lo general las variedades de cacao de mazorcas verdes al madurar se tornan de color amarillo y las variedades de mazorcas rojas se tornan de un color rojo intenso o anaranjadas
Otra práctica para la cosecha, es golpear con los dedos la mazorca y escuchar si obtenemos un sonido hueco. Esto ocurre solamente cunado la mazorca está totalmente madura.
Se debe tener muy en cuenta las herramientas a utilizar al momento de la cosecha. La recomendación es siempre realizar la cosecha con tijeras, ya que con machete corremos el riego de dañar parte del tallo (cojinete floral).
Al momento de la cosecha debemos realizar una buena selección de frutos y no mezclar frutos dañados ya sean por insectos o por alguna enfermedad, ya que esto nos puede dañar toda la cosecha en el momento de la fermentación y el secado, especialmente cuando estos van a ser derivados para procesos y elaboración de chocolates.