Ante la posibilidad de escasez de fertilizantes provocada por una producción y un suministro insuficientes a escala global, es posible cambiar a fertilizantes orgánicos, aunque hacerlo es mucho más complicado de lo que se pensaba. Debido a que el #cacao es un producto a largo plazo, requiere más atención e incorporación de fertilizantes en el suelo, así como una comprensión clara de los requerimientos nutricionales por cada cultivo.
El compostaje es una alternativa viable al uso de fertilizantes orgánicos, aunque existen muchos tipos de abonos orgánicos disponibles para cultivos de cacao, como humus de lombriz, estiércol animal, residuos vegetales y cientos de bioles. Se estima que una planta de cacao puede utilizar mínimo 5 libras de humus de lombriz cada año.